ก่อนจะแต่งตั้งเป็นสถานีตำรวจภูธรหมอกจำแป่ เคยเป็นของสถานีตำรวจภูธรเมืองแม่ฮ่องสอนมาก่อน ซึ่งสถานีตำรวจหมอกจำแป่ เป็นสถานีย่อย แยกจากสถานีตำรวจภูธรเมืองแม่ฮ่องสอนอีกสถานีหนึ่ง
เมื่อ พ.ศ. 2550 สถานีตำรวจหมอกจำแป่ได้แต่งตั้งเป็นสถานีตำรวจภูธรหมอกจำแป่ระดับตำบลอย่างเป็นทางการ ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน

สถานีตำรวจภูธรหมอกจำแป่  มีหัวหน้าสถานีตำรวจภูธรหมอกจำแป่เป็นระดับสารวัตร มีขนาดเล็ก ที่ตั้งอยู่ในหมู่บ้านหมอกจำแป่ อำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน จังหวัดแม่ฮ่องสอน